Στην εποπτεία του υπουργείου  Παιδείας υπάγονται, μεταξύ άλλων, τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (ΑΕΙ), η Ανώτατη Σχολή Παιδαγωγικής και Τεχνολογικής Εκπαίδευσης (ΑΣΠΑΙΤΕ), δημόσιες βιβλιοθήκες, πανεπιστημιακά νοσοκομεία, εθνικά αθλητικά κέντρα, ειδικοί λογαριασμοί κονδυλίων έρευνας (ΕΛΚΕ), το Ίδρυμα Νεολαίας και Διά Βίου Μάθησης (ΙΝΕΔΙΒΙΜ), το Ινστιτούτο Τεχνολογίας Υπολογιστών και Εκδόσεων (ΙΤΥΕ) «Διόφαντος», το Ολυμπιακό Αθλητικό Κέντρο Αθηνών (ΟΑΚΑ) «Σπύρος Λούης» και το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (ΙΚΥ). 

Το σύνολο των φορέων του υπουργείου εκτιμάται για το 2025 ότι θα εμφανίσει πλεόνασμα ύψους 73,4 εκατ. ευρώ και για το 2026 προβλέπεται πλεόνασμα ύψους 75,9 εκατ. ευρώ.

Το πλεόνασμα προέρχεται κυρίως από τη δραστηριότητα των ΕΛΚΕ, σκοπός των οποίων είναι η διαχείριση και η αξιοποίηση των κονδυλίων επιστημονικής έρευνας, εκπαίδευσης, κατάρτισης, τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας.

Επισημαίνεται ότι κύρια πηγή εσόδων των ανωτέρω εποπτευόμενων φορέων αποτελούν οι μεταβιβάσεις από τον κρατικό προϋπολογισμό καθώς και οι πόροι από χρηματοδοτούμενα προγράμματα από την ΕΕ.